引起人類疾病的病原體有好幾種，最為多見的就是肺炎衣原體、沙眼衣原體和鸚鵡熱衣原體，這三種不同的衣原體所導致的疾病表現各不相同。肺炎衣原體所導致的主要是呼吸道的病變，可以表現為發燒、咽痛、咳嗽，比較重的病例還可以合並胸腔積液、心內膜炎、心肌炎、肝炎、腦膜炎等等。而沙眼衣原體引起的臨床類型就更復雜一些，可以表現為沙眼，在急性感染的時候主要是流眼淚的增多、眼睛分泌物的增多、結膜的充血、濾泡的形成。慢性的沙眼主要是表現為眼部的瘙癢、異物感，以及結膜濾泡的形成。沙眼衣原體還可引起泌尿生殖系統的感染，以及性病淋巴肉芽腫。而鸚鵡熱衣原體最為多見的表現是肺炎的表現，另外也可以是發熱、敗血癥的表現。
