如果患者有相應的感染癥狀，醫生判斷確實是支原體或衣原體引起的感染，此時需要應用大環內酯類藥物，比如阿奇黴素、羅紅黴素，也可以應用四環素類藥物，比如強力黴素(多西環素)或米諾環素，還可以應用氟喹諾酮類藥物，比如左氧氟沙星，環丙沙星等。對於患者采取的治療療程，需要結合感染部位而定。如果是支原體或衣原體引起的上呼吸道感染，通常療程比較短，輕癥者有時也可以不用抗菌藥物治療，用抗菌藥物治療者一般體溫正常後，可以鞏固三天治療。但如果引起肺炎，患者病情相對較重，通常治療需要兩周。如果支原體或者衣原體引起瞭泌尿系統或生殖系統感染，通常療程會在2-3周。因為對於泌尿生殖道的支原體或衣原體感染，患者可以出現病情反復，一般主張一次性療程延長，防止病情復發。
