引起心房撲動的原因有很多，有時候並不是單單因為本身有相關的心臟病，也有可能是其他的病癥引起或者是用藥不當。首先是器質性心臟病病人。心房撲動常常見於存在器質性心臟病的患者，偶爾可以見於沒有器質性心臟病的正常人。最常見的是風心病合並二尖瓣狹窄伴有左心房擴大，或者是合並心力衰竭的患者。其次可以見於冠心病、心肌梗死的病人，也可以在患有心肌病、心肌炎、高血壓性心臟病、肺心病、病竇綜合征或者是某些先天性的心臟病，尤其是房間隔缺損，還有一些像肺栓塞、慢性縮窄性心包炎、急性心包炎等這一類的病人。第二是預激綜合征，當先天性的心臟病房間隔缺損合並存在預激綜合征的時候，很容易發生心房撲動，第三是藥物的因素。藥物引起的心房撲動是比較少見的，但是可以見於洋地黃中毒。還有其他的一些疾病，比如說甲亢、胸外科的手術、心臟本身的手術、心導管的檢查、低溫、缺氧、急性膽囊炎、全身感染、蛛網膜下腔出血，尤其是原來有過器質性心臟病的患者更容易發生。還有一些病人由於精神過度緊張、激動、過度疲勞也可以誘發心房撲動。
