《女醫明妃傳》結局如下。
1、吳太後數次找到祁鈺大鬧。祁鈺不堪母親刺激，在除夕夜突然病發，意外病逝。吳太後認定是允賢醫術不精，害死瞭兒子，要允賢為祁鈺殉葬。
2、為救允賢，英宗不得不趁夜入宮，並在擁護他的大臣幫助下，登基為皇，下旨從此廢除殉葬制度。允賢逃脫瞭殉葬的命運，卻意外地失去瞭腹中的孩子。
3、她得知英宗登基後，悄悄離開宮中，隨戲班一起遠走天涯。英宗在政事上勵精圖治，在宮中推行女醫制度，十年之後他傳位太子，自己四處私訪，終於再度找到瞭允賢。
4、因為允賢和英宗的作為，不少民間女子開始行醫，大眾漸漸接受瞭女子行醫的事實，女子的壽命大為提高。
