1、第一種說法：慈禧知道自已即將歸西天，不願意在他死後，光緒皇帝重新掌權，派人毒死瞭光緒帝。主要依據有清末給光緒看病的名醫屈桂庭他的回憶錄中說：“光緒在臨死前三天，在床上不停地翻滾，並且不停地大叫，“肚子疼得不得瞭。”臉色發暗，舌頭又黃又黑，明顯是中毒癥狀。”根據這種說法，光緒是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太後，因為她是當時最有權勢、又嚴密控制光緒帝的、最好下毒、最可能下毒的人。
2、第二種說法：袁世凱見慈禧一病難起，怕慈禧死後，光緒掌握實權，報復自已在戊戌變法出賣皇帝的行為，於是賄賂宮廷宦官，用劇毒藥物害死光緒帝。這種說法最有權威的依據是清朝最後一個皇帝溥儀的說法，溥儀說：“我親耳聽到一個侍候光緒帝的老太監講，光緒帝死前一天，隻是用瞭一劑藥，才變壞的。後來才知道這劑藥是袁世凱送的。”
3、第三種說法：太監李蓮英得悉光緒帝的日記中載有西太後死後將誅袁世凱和他的消息，與慈禧一起陰謀將毒藥投入光緒帝的食物中致使光緒帝中毒身亡。
4、第四種說法：這幾年來有專傢根據光緒帝生前的病歷，結合當時的歷史背景和現代中醫學理論，推斷是光緒帝因為嚴重肺結核病加上其它並發癥，導致死亡的。
5、第五種說法：光緒帝有嚴重的腎虧，加上光緒帝從小身體虛弱，從幾歲起就受慈禧的壓制，長期處在緊張之中，後來又在做皇帝時更是經歷一連串的挫折和打擊，病情逐漸加重，引起一系列呼吸道、消化道、等並發病癥，最後病亡。這一說法主要依據是光緒生前的病歷和光緒生前自已的一段回憶。
