1、常溫保存：蜂巢蜜在蜂巢中能保存很長很長的時間，蜜蜂的時常替換，以及蜂蜜、蜂膠等自身又有一定的殺菌滅菌之效，因此，在常溫中，這種蜂蜜也能有一定的防腐效果，能在常溫下存放5~10天不變質。
2、冰箱保存：冰箱是生活中保存食物的最佳選擇，蜂巢蜜也一樣可以放冰箱中保存防腐，冰箱的低溫會抑制菌類的活性，延長蜂巢蜜保質期，這種保存方法能保存1~3月，放冰凍層可保存更長的時間，不經常打開甚至能保存半年左右。
3、真空保存：將蜂巢蜜用小的可抽空空氣的小盒子裝好，蓋上蓋子後用抽氣泵將其中的空氣盡量抽空，在密封存放，這種環境中含有的氧氣極少，很多菌類會受到嚴重的抑制，最大可能的延長蜂巢蜜的保質期，適合長途運輸，不開封可保存1~2年，開封後需盡快食用或冰箱保存。
蜂巢是可以放冰箱的，但是要註意這個蜂巢的保存時間可隻有2到3個月，要盡快吃完，保存方法有這麼多種，不一定要選擇冰箱。
