1、大約在一億年以前,地下巖漿由於地殼的變動而大量噴出,熔巖冷卻時，蒸氣和其他氣體形成氣泡。氣泡在巖石凍結時被封起來而形成許多洞孔。很久以後，洞孔浸入含有二氧化矽的溶液凝結成矽膠。含鐵巖石的可熔成份進入矽膠，最後二氧化矽結晶為瑪瑙。在礦物學中，它屬於玉髓類，是具有不同顏色且呈環帶狀分佈的石髓。通常是由二氧化矽的膠體沿巖石的空洞或空隙的周壁向中心逐漸充填、形成同心層狀或平行層狀塊體。
2、目前最常見的天然天珠就是藥師珠，藥師珠又稱圓線珠，外形多為扁豆型的珠身，而珠身中間有一條白色的條紋，每顆藥師珠的紋路都是天然形成的，屬於天珠族群的一種。“藥師珠”一名的由來，據說若在密封的小空間中，將藥師珠握於手掌中心，令其珠體溫度升高，一段時間後開啟，則會自然散發出一股藥香味道，因而得名。而傳說中，藥師珠還有療病與避邪的功效。
