反流性咽喉炎的藥物治療主要是針對反流，所謂的反流是胃裡的內容物反流到食管和咽喉，所以藥物主要是針對胃，比較常見的是質子泵抑制劑，也就是抑制胃酸產生的藥物，比較常用的有奧美拉唑、艾司奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑等等。可以用胃食管的消化道的動力藥，比如嗎丁啉、莫沙必利等等。如果有膽汁反流，還可以用中和膽汁的藥物，比如鋁碳酸鎂。如果抑酸效果不好，還可以加H2受體拮抗劑，就是西咪替丁、法莫替丁等等。同時反流性咽喉炎也要註意一般的治療，比如戒煙、戒酒、戒辛辣刺激的食物，盡量少吃果汁、甘桔等，比較容易刺激胃酸產生的食物，每頓飯不要吃得過飽，不要在過飽的時候保持臥位等等。
