如果是早期的膀胱腫瘤做膀胱灌註，最常見的副作用是膀胱刺激癥狀，尿頻、尿急、尿痛，可能半小時或者一個小時就要去解一次手。每一次解的小便量可能隻有20ml、30ml，就是所謂的尿頻、尿急，典型的膀胱刺激癥狀。還有膀胱灌註有極少一部分人會出現一些惡心、嘔吐的全身的反應，這種概率比較低，主要表現為局部的癥狀。全身化療的副作用和癥狀相對比較多，比較常見的，像惡心、嘔吐、拉肚子。還有一些人如果白細胞低，可能會出現肺部感染；血小板比較低，會出現皮膚或者刷牙，有出血點、淤青等等；如果紅細胞降低，貧血的患者還會表現為乏力。還有一些病人會出現胃納減退，就是食欲下降等等。
