系統性紅斑狼瘡是一種病因不明的，累及多器官、多系統的結締組織疾病，雖然病因尚未完全明瞭，但目前的研究認為可能與下列因素有關：第一、遺傳因素，系統性紅斑狼瘡的發病有傢族聚集傾向，遺傳概率大概是43%左右，目前通過遺傳學的方法已經確定瞭多個系統性紅斑狼瘡的易感基因。第二、性激素，系統性紅斑狼瘡多見於育齡期的女性，妊娠可以誘發或加重系統性紅斑狼瘡。第三、環境因素以及其它因素，紫外線照射可以使狼瘡加重或誘發。除此之外，某些藥物例如甲基多巴、異煙肼、青黴素和生物制劑也可以誘發藥物性的紅斑狼瘡。感染例如鏈球菌的感染、EB病毒的感染，也可以誘發或加重本病。綜上所述狼瘡的發病與患者自身的遺傳易感性有關，也與患者個人的免疫異常有關，在遺傳易感的基礎上，多種環境因素導致患者自身免疫相關基因過度表達，體內產生多種自身抗體，這些抗體通過超敏反應引起多器官、多系統的損傷，從而導致狼瘡的發生與發展。
