慢性咽炎一般是不會影響腎炎的，如果鏈球菌感染引起的急性咽炎反復發作，有可能會影響到腎臟。因為鏈球菌感染會損傷內皮細胞，導致的損傷必須要經過血液產生自身的抗體，形成抗原抗體復合物，對腎臟有攻擊和損傷的作用。最常見引起腎炎的是扁桃體炎，因為扁桃體是一個腺體，比較常見的感染細菌是乙型溶血性鏈球菌，會在扁桃腺的陷窩裡面長期存在，刺激到腺體的細胞損傷再入血，形成自身抗體。隻有急性鏈球菌感染引起的急性咽炎可能會影響到腎臟，會引起腎炎急性的發作，出現血尿、蛋白尿的情況，慢性的、肥厚性的或者單純性的咽炎是不會影響腎炎的。
