不同病毒性腦炎，核磁共振表現有所不同，但通常情況下在核磁上都表現為長T1、長T2異常信號。不同病毒所導致腦炎，影像學表現有所不一致，具體如下：1、水痘引起的腦炎，核磁共振表現為基底節區、丘腦以及小腦多發斑片狀長T1、長T2信號，彌散加權像呈現高信號，並且占位效應明顯，增強掃描可見到輕度強化癥狀。2、急性麻疹性腦炎，早期核磁共振表現通常正常，在幾周以後除瞭大腦皮質輕度萎縮以外，還可以表現為廣泛腦水腫、脫髓鞘等癥狀，而病灶多發在腦室周圍白質、基底節、海馬、皮質下以及小腦白質，並且彌散加權像表現為彌散受限，增強掃描可以見到病灶部分有強化。
