治療灰指甲的藥物分為口服藥物和外用藥物。口服藥物又按照化學結構分為丙烯胺類，像特比萘芬，還有三唑類的伊曲康唑。特比萘芬這個藥，它具有很好的親脂性和親角質性，口服之後很快吸收，然後很快又到達靶組織，還有脂質豐富的這些部位，比如說皮下、甲板、角質層。伊曲康唑也有類似的特點，因此口服這些藥之後很快的在指甲當中、指甲周圍就能夠檢測到有效的治療量的濃度，所以它的效果就很好。外用的藥物有唑類的藥物，也有嗎啉類的，像唑類的像達克寧，嗎啉類的像環吡酮胺，還有聚維酮碘，這些藥都是外用的一些藥。現在針對灰指甲的藥物還有很多，還在深入的研究當中，希望有更好的藥物問世出來。
