腎盂腎炎的治療可以分為急性腎盂腎炎和慢性腎盂腎炎的治療，急性腎盂腎炎的治療目的需要殺滅病原體，預防膿毒癥的發生，並且防止復發。因為腎盂腎炎最常見的致病菌是腸道桿菌，大腸桿菌最常見，所以會選擇針對革蘭氏陰性桿菌有效的藥物。如果治療72小時顯效，無需換藥，否則應該按照藥敏結果更換抗生素。病情輕的可以口服，療程在10-14天，藥物選擇可以選喹諾酮類、頭孢菌素類藥物。嚴重的感染，全身中毒癥狀比較明顯的病人，建議住院治療，給予靜脈輸液，總的療程是兩周。治療72小時無好轉，建議根據藥敏結果更換抗生素，療程大於兩周。如果經過治療仍然有發熱，應該註意有沒有並發癥的問題，如腎臟腎盂膿腫或者感染中毒癥等。慢性腎盂腎炎的治療，通常是復雜性尿路感染，治療關鍵是積極的尋找並且祛除易感因素，如尿路梗阻、畸形等。慢性腎盂腎炎如果急性發作的時候，治療原則和急性腎盂腎炎一樣。
