1、海水富養。由於城市工業廢水和生活污水大量排入海中，使水體中度過營養元素驟增，造成海域富營養化。此時，水域中氮、磷等營養鹽類；鐵、錳等微量元素以及有機化合物的含量大大增加，促進赤潮生物的大量繁殖。
2、海水溫度。海水的溫度是赤潮發生的重要環境因子，20—30℃是赤潮發生的適宜溫度范圍。科學傢發現一周內水溫突然升高大於2℃是赤潮發生的先兆。海水的化學因子如鹽度變化也是促使生物因子—赤潮生物大量繁殖的原因之一。鹽度在26-37的范圍內均有發生赤潮的可能，但是海水鹽度在15—21.6時，容易形成溫躍層和鹽躍層。溫、鹽躍層的存在為赤潮生物的聚集提供瞭條件，易誘發赤潮。
3、人類活動。隨著現代化工、農業生產的迅猛發展，沿海地區人口的增多，人類生產活動中的相當一部分工農業廢水和生活污水未經處理就直接排入海洋。同時，由於沿海開發程度的增高和海水養殖業的擴大，也帶來瞭海洋生態環境和養殖業自身污染問題；海運業的發展導致外來有害赤潮種類的引入；全球氣候的變化也導致瞭赤潮的頻繁發生。
在植物性赤潮發生初期，由於植物的光合作用，水體會出現高葉綠素a、高溶解氧、高化學耗氧量。這種環境因素的改變，致使一些海洋生物不能正常生長、發育、繁殖，導致一些生物逃避甚至死亡，破壞瞭原有的生態平衡。
