慢性腹瀉是一種常見的臨床癥狀，它不是一種單純的疾病，是指病程在兩個月以上的腹瀉，或者是間歇期在2-4周內又反復發生的復發性腹瀉。它的病因比較復雜，病程遷延不愈，其中病因包括全身性的疾病，如糖尿病，主要與胃腸道的植物神經病變有關，甲狀腺功能亢進癥是由於代謝增強、腸道蠕動加快、消化吸收不良，而出現瞭頻繁的腹瀉，還有慢性腎功能不全、尿毒癥的患者也可以出現慢性腹瀉。另外，一些自身免疫性疾病，如系統性紅斑狼瘡、硬皮病等也可以出現慢性腹瀉。肝、膽、胰腺的疾病，這一類疾病主要有肝炎、肝硬化、肝癌，還有慢性胰腺炎、胰腺癌以及膽囊切除術後的患者，也往往可以出現慢性腹瀉，主要是與脂肪類食物的消化、吸收欠佳有關系。還有胃腸道疾病，有胃腸道的腫瘤、炎癥性腸病，還有功能性的，像腸易激綜合征、功能性腹瀉等，因為感染性的因素包括有腸結核、阿米巴腸病、慢性菌痢等，藥物也可能會引起慢性的腹瀉，多種藥物和藥物間的相互作用可以引發慢性腹瀉。
