外科手術是延長肝內膽管細胞癌生存期的首選治療方法。根治性手術切除范圍取決於癌腫的部位及大小。根治性手術切除術可以明顯延長患者生存期，而行姑息性外科切除、保守治療及未治療患者沒有五年生存。肝內膽管細胞癌具有淋巴侵襲性，易發生淋巴結轉移，所以肝內膽管細胞癌術後復發率較高，血管侵犯、淋巴轉移提示手術復發率的可能性較大，而腫瘤大於5cm、腫瘤數目、血管侵犯以及周圍神經侵犯則提示容易早期復發；單純的化學藥物治療應用於肝內膽管細胞癌的效果不佳。因為肝內膽管細胞癌是乏血供腫瘤，癌灶很難達到有效的藥物濃度，術後輔以化療要比單純手術效果更好。病人術後化療並無明確標準，R0切除或未發現明確轉移者，可以不用化療。
