萎縮性胃炎的治療主要包括對因治療以及對癥治療，對因治療主要就是尋找萎縮性胃炎的原因。如果是幽門螺桿菌感染所導致的萎縮性胃炎，那麼積極的根除幽門螺桿菌是治療的首選，根除幽門螺桿菌目前的藥物建議四聯療法，即質子泵抑制劑加上鉍劑，加上兩種抗生素。對癥處理主要是根據萎縮性胃炎所表現出來的癥狀而給予相應的藥物治療，如果患者是以上腹痛、反酸、胃灼熱為主，可以用一些抑酸藥或者抗酸藥，可以選用H2受體阻滯劑或質子泵抑制劑，但是這些藥都不建議長期運用，因為長期的抑酸治療有可能會加重萎縮或者引起其他的一些並發癥。如果是以上腹飽脹、早飽為癥狀的，可以給一些促動力藥來緩解癥狀。
