由於反流性食管炎主要的原因是胃內容物和十二指腸內容物的反流導致的食管黏膜的炎癥，由於胃內容物的反流最常見，其中導致食管炎的原因是胃酸的反流，所以治療食管炎首先是要抑制胃酸的治療，抑制胃酸的藥物能夠迅速緩解反流性食管炎患者的癥狀。目前所選用的一般是質子泵抑制劑，抑酸作用非常強，能夠迅速緩解癥狀，促進食管炎的愈合。一般常用的有像奧美拉唑、蘭索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等藥物。需要註意的是反流性食管炎用藥，用質子泵抑制劑的藥物的劑量，通常是治療消化性潰瘍治療的劑量的2倍，療程通常至少要在8周，8-12周，一般療程可以使大多數反流性食管炎的黏膜損傷愈合。其次是使用促動力藥物，但是單獨使用促動力藥物治療反流性食管炎的效果差，多數是在配合抑制胃酸藥物的基礎上進行使用。其他還有黏膜保護的藥物和抑酸藥，通常是含有鋁、鎂、鉍劑等堿性鹽類或其復合制劑，用於緩解癥狀。其中鋁碳酸鎂不但有中和胃酸的作用，還具有吸附膽汁的作用，對於除瞭酸反流導致的反流性食管炎，對於十二指腸內容物，其中含有膽汁這種十二指腸內容物的反流對食管黏膜的損傷也有保護的作用，可以保護食管黏膜，有利於食管炎的愈合。
