頜骨囊腫分為感染性的囊腫，比方臨床常見的根端囊腫，根端囊腫是由於牙髓神經發生感染、壞死，感染的物質通過根尖孔逐漸滲透到頜骨，引起的根尖區域頜骨的炎癥性破壞，形成瞭囊腫。頜骨囊腫還有一部分是發育性的囊腫，包括鼻唇囊腫、切牙管囊腫等。這是由於在頜骨發育過程中，一些上皮組織被迷走到頜骨內，後來逐漸發育成囊性的病變。還有一類頜骨囊腫，它的發生是與牙齒的發育有關。在牙齒形成的過程中，各種參與牙齒發育的細胞，在牙齒形成以後應該正常的退化，如果這些細胞沒有退化而遺留在頜骨內，就可能會發生囊腫，稱為牙源性的頜骨囊腫。
