目前對早孕的藥物流產最常用的藥物是米非司酮加米索前列醇，米非司酮主要是抗孕激素受體的物質，可以抑制胚胎附著在子宮內膜；而米索前列腺醇是促進子宮收縮，使壞死的胚胎流出體外這樣的一個過程。由於宮外孕是附著在正常宮腔以外的地方，當應用藥物以後從異位的地方脫落，就不可能像正常的宮內孕那樣經過宮頸、陰道流出體外。它可能會流到腹腔內，比如輸卵管妊娠或是卵巢妊娠，這個時候流到腹腔內的胚胎組織可能會刺激腹膜導致炎癥，同時因為附著的部位肌肉少、收縮差，可能會導致出血很多。因此，對於宮外孕是不應該用藥物流產去進行處理的，因為這樣做風險會很大。
