更昔洛韋眼用凝膠在眼科臨床上主要用來治療病毒性眼病，比如病毒性角膜炎、病毒性結膜炎等等。此藥與更昔洛韋的滴眼液最大區別在於制劑的方式不一樣，這種眼用凝膠的粘稠度更大，使用起來可能會更加方便一點，不會流的到處都是。但由於粘稠度大，可能會使有些病人覺得太黏糊瞭，用到眼睛裡面不是很清爽。但眼用凝膠的優勢在於能夠在結膜囊裡面留存更長的時間，起作用的時間會相對的長一些，比起滴眼液能夠更長時間的發揮作用。通常建議患者如果是覺得比較黏稠、不舒服可以在臨睡前使用更昔洛韋的眼用凝膠，夜間能長時間停留在眼內，或者在致病的部位發揮更好的作用。如果患者不是很介意黏稠的感覺，也可以像眼用的碘液一樣正常滴到結膜囊裡。
