1、水稻惡苗病最主要的初侵染源是帶菌種子，其次是病稻草。種子萌發後，病菌就從秧苗的芽鞘、根和根冠或傷口侵入，植株傷口有利於病菌侵入，會引起秧苗發病徒長；帶病的秧苗移栽後，引起稻苗發病；同時，病株產生的分生孢子借助氣流可進行再次侵染，使谷粒和稻草帶病菌，形成循環侵染，為害水稻。
2、高溫為水稻惡苗病發生創造條件。這種病害的病菌喜歡高溫，高溫對水稻惡苗病病菌繁殖、侵染及發生極為有利。土溫在30-35℃時病苗出現最多，25℃時病苗出現少，種子和秧苗有外傷時，有利於病菌侵入。
3、在相同條件下，種子帶菌率極高，品種間發病差異明顯，粳稻發病明顯重於秈稻，不同品種的平均病株率0.07%-2.8%之間。
4、水稻惡苗病病原菌屬子囊菌。播前浸種時帶菌種子上的分生孢子污染無病種子而傳染是一方面；另一方面水稻收割機械化程度極高，收獲後秸桿還田技術培肥地力的同時，也增加瞭病殘體上病菌在田間和種子上的積累。
瞭解好該病的發病原因及條件，做好相關防治措施，就可將發病率大大的降低。
