1、減產嚴重。芝麻連作重茬往往造成減產的原因，就是它的根系會分泌出一種物質，這種物質在芝麻采收後還會遺留在土壤中，可以促進某些微生物繁殖和活動，加快土壤有機物的分解，提高土壤肥力，這對禾谷類作物極為有利，但是這些微生物對於芝麻和大豆等作物時極為不利的，所以不能連作。
2、加重病蟲害。芝麻重茬還會使得病蟲害加重，芝麻重茬會為地老虎、蠐螬等地下害蟲創造最佳棲息繁殖場所，使得蟲口數量逐漸摘，嚴重時會造成芝麻缺苗斷壟。而且隨著重茬的年份增加，病蟲害也會逐年加重，減產幅度也會越來越大。
3、養分失調。芝麻時需肥較大的作物，重茬種植會導致養分失調，芝麻對氮鉀元素需求較多，對於磷素較少，而且它的根系入土較淺，大多分佈在20厘米土層內，種植年限一長，會導致那個土層內的養分嚴重失調，重茬減產嚴重。所以建議和其他作物輪作，比如豆科作物、糧食作物、棉花等，它們的根系可達不同的土層，對氮、磷、鉀等肥料的需要量與芝麻也不同，豆科作物還具有固氮恢復地力的能力。和這些作物倒茬輪作，莖合理的利用土壤各土層養分，保持土壤養分均衡。
如連年種芝麻，就會打破土壤肥力平衡，造成氮、鉀缺乏，逐漸難以滿足芝麻生長的需要芝麻產量難以提高。所以，芝麻連茬種植是不科學的，應當避免。
