抗生素應用多少天會出現菌群失調，取決於應用抗菌藥物的種類，以及患者的年齡、基礎狀態、所居住的病房等，由多種因素決定，不是單純取決於抗生素應用瞭多少天。容易出現菌群失調的抗生素包括克林黴素、林可黴素、頭孢菌素、阿莫西林、氨芐西林等，這幾類抗菌藥物出現菌群失調的幾率比較高。如果患者本身是老年人、有嚴重的基礎疾病、免疫功能低下、居住在ICU，有可能應用不到一周的時間就會出現菌群失調，但如果患者本身沒有基礎疾病，屬於健康的人群，應用的時間可能就會延長，有可能應用兩周都不會出現菌群失調。對於大環內酯類的藥物，比如復方磺胺甲惡唑，其他類的青黴素，比如四環素類、氟喹諾酮類、氨基糖苷類等，這些藥物出現菌群失調的幾率比較低，同等條件下有可能應用2-3周，都不會出現菌群失調。出現菌群失調的影響因素比較多，所以不能單看應用抗菌藥物的天數，而是根據綜合因素決定是否會出現菌群失調。
