1、枯萎病盛發期是在棉花現蕾前後，6月中下旬，枯萎病來勢猛，危害重，若遇大降雨則可有利於枯萎病的大面積流行，可在6月上中旬用25%溴菌腈WP1500-2000倍液噴霧防治，間隔7-10天再噴1-2遍，可有效防治棉花枯萎病的盛發流行。
2、黃萎病的盛發期在7、8月棉花花鈴期，此時棉株得病，引起結鈴稀少，脫落較多，產量減少，品質變壞，並且由於棉株較大，防治較難，在7月中下旬應抓緊防治，用25%溴菌腈WP1000-1500倍液噴霧防治，間隔7-10天再噴一次，可有效防治黃萎病的發生。
3、用30%惡霜靈嘧菌酯800倍液、12.5%治萎靈200-250倍液，30%甲霜惡黴靈600倍液於發病初期、盛期各灌1次，每株灌對好的藥液50-100ml，防效80%-90%。
針對棉花枯黃萎病防治，種植時需要選擇抗病品種、種子要經過藥物處理，同時要做好田間管理，合理輪作倒茬。
