1、五歲的宗介與媽媽理莎，住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸長年出海，留下宗介與媽媽相依為命。因此五歲的宗介從小就超齡的懂事，也知道自己必須擔起傢中的責任，要代替父親照顧媽媽。一天當他在山崖下巖石遍佈的海灘上玩耍，他拾回瞭一隻頭困在玻璃瓶裡的人魚波妞，宗介救出波妞並且將她養在一個綠色的塑膠水桶裡。
2、波妞與宗介相互著迷。宗介跟波妞說：“別擔心，我會保護你、好好照顧你。”，但是波妞的父親魔法師藤本，逼著波妞跟他回海裡。波妞堅決不肯並開始大吵大鬧，她心意已決，要變成人類小女孩回到宗介的身邊，於是波妞竟然決定離傢出走。就在她離傢之前，波妞把爸爸最珍藏的“生命之水”倒到海水裡。這個舉動造成極大的動蕩，海平面開始快速上升，波妞的妹妹們都變成瞭魚形的巨大海浪並吞噬瞭宗介住的小鎮還差點連宗介山崖上的傢都波及。
