乙肝病毒和其他病毒感染，聯合治療的壞處：療效的改善程度有待提高，因為在某些研究當中也發現聯合治療和單藥的治療，如果說采用強有力的單藥的抗病毒藥物進行治療和聯合治療，在乙肝病毒（HBV）DNA的意志方面以及E抗原的血清轉換方面，另外轉氨酶的復查方面是沒有很明顯的區別的。所以，如果說在治療初期，選擇單藥強效低耐藥的藥物進行單藥的抗病毒治療，可以避免采用這種聯合治療，因為聯合治療它涉及到藥物之間的一個相互作用，每一樣藥物之間相互作用是否會導致一定的不安全的因素。比如幹擾素和替比夫定之間兩藥同時應用，可能會增加外周神經炎的發生，在早期不瞭解，而隨著研究經驗增多，循證醫學依據的積累，我們才瞭解到有這方面安全的隱患。在新的藥物，比如替諾福韋跟拉米夫定、替比夫定以及恩替卡韋之間的聯合，是否也存在一定的風險，值得我們進一步的進行循證醫學的這些研究來得以證實。此外聯合治療病人經濟的負擔也比較重。如果在經濟負擔不能夠承受的情況下，它的治療的依從性也就沒有辦法堅持，這樣實際上也達不到進行長期的藥物治療的一個效果，所以藥物經濟學也是在醫生給患者進行處方的過程中，必須要進行考慮的一個重要的因素，所以聯合治療並不是說非常的完美，非常的不可替代，這些局限性也要求我們再進一步對聯合治療進行慎重的選擇和審視。
