試管嬰兒的並發癥在極少數患者當中會出現，大概有5%以內。最常見的一個叫做卵巢過度刺激綜合征，比如多囊卵巢綜合征的患者，因為本身卵巢的卵泡是很多的即使用再小量的促排卵藥物，它長的卵巢也會比別人多，每個卵泡都會貢獻一定量的雌激素。如果這些卵泡成熟以後，雌激素的水平是相對比較高的，超生理水平，這時候就容易發生卵巢過度刺激綜合征。首先的表現就是腹脹、胸悶，可能有些氣喘、咳嗽等等，一旦發生這些癥狀，要抓緊時間找醫生來復診，在專業的醫生的指導下進行一些針對性的處理。如果沒有移植的話，來瞭月經這些癥狀馬上都會消失。根源就是因為卵泡長得多、刺激素高，一旦雌激素降下來來瞭月經就什麼事都沒有瞭，這是最常見的一種並發癥。還有一些就是移植後也有宮外孕的，因為胚胎放進去以後，在宮腔裡面還會有一定的遊走性，那有時候走到輸卵管裡面，因為輸卵管有問題又回不來瞭，這時候就會著床在輸卵管裡造成異位妊娠。試管嬰兒的異位妊娠率的發生比自己懷孕的異位妊娠發生率要低得多，但也不是完全可以避免的。
