需要明確沒有慢性腸胃炎這種疾病，隻有慢性胃炎以及潰瘍性結腸炎，這兩種疾病的治療方式不一樣。對於慢性胃炎的治療，先要明確有無幽門螺桿菌的感染。如果有感染，建議先根除幽門螺桿菌，很多炎癥在根除幽門螺桿菌之後都可以得到緩解。對於潰瘍性結腸炎的治療比較復雜，需要根據病人病情的程度，分為輕、中、重型。對於輕型的潰瘍性結腸炎，患者可以口服5-氨基水楊酸類藥物。如果該藥效果不佳，或者病情屬於中、重型的潰瘍性結腸炎，患者可能需要用激素，以及免疫抑制劑的治療，並且療程可能長達數年，並且要終身通過結腸鏡的方式進行監測。
