肌肉萎縮的治療方法取決於引發肌肉萎縮的病因，應當針對原發病制定治療方案，並且要做到營養肌肉、鍛煉肌肉貫穿始終。在肌肉萎縮的急性期，對於出現嚴重的肌肉疾病，可能會出現呼吸肌無力而導致呼吸困難，甚至呼吸衰竭的病人，應當給予呼吸機輔助呼吸。在出現肌肉萎縮的情況時，一般性的治療包括對於系統性的疾病，如內分泌疾病、腫瘤、感染、頸椎病、腰椎間盤突出等進行原發病的治療。對於炎癥性疾病引發的肌肉萎縮，治療的目的是抑制炎癥和自身免疫反應治療方案，需要專科醫生具體評估。此外，應當避免肌肉萎縮的方法，是盡量多地在安全范圍內增加有針對性的肌肉力量的訓練，並且病人在飲食方面應當提供足夠能量的飲食，保證肌肉的消耗。
