腎結石手術通常是在麻醉的狀態下進行，因此手術的過程全程沒有痛感。不過手術以後，當麻醉藥的效力消退以後，都會有不同程度的疼痛感，疼痛的程度也因人而異。手術可以做全麻、腰麻、連硬外麻醉、基礎麻醉，小手術甚至可以做局部麻醉。創傷比較小的手術，比如輸尿管軟鏡或者體外碎石，基本上術後沒有明顯的疼痛感，但是對於創傷大的手術，比如經皮腎鏡碎石取石術、腹腔鏡、輸尿管腎盂切開取石術，甚至開放手術治療腎結石，手術疼痛程度就會明顯增加，特別為開放手術，刀口通常要10cm以上，手術以後切斷神經、肌肉、皮膚，對於大多數人來講都會有明顯的痛感。術後可以用自控鎮痛來進行緩解，在口服藥、輸液當中，加入適當的鎮痛藥物或者解痙藥物，也有助於減輕手術以後的痛感。
