1、清熱解毒：黃連在中醫裡配以其他輔助藥物既適用於濕熱證，也適用於火熱證，黃連苦寒，瀉火解毒功效很強，凡是濕熱阻滯證，溫病高熱，煩躁不安等都可使用，治療濕熱常配以半夏，瓜萎，等，治療火熱常配以朱砂、地黃等。
2、抑菌：黃連對金葡、霍亂弧菌、乙型鏈球菌作用較強，對大腸桿菌、傷寒桿菌作用較弱。
3、降血糖：黃連中的黃連素對血糖的調控與藥物的計量和給藥的方式有關，在治療糖尿病患者時可適當的在靜脈滴水中加少量的黃連素，能明顯的薑烯血糖，但是需要註意黃連素靜脈滴註的量不能過高，以免引起心臟系統的抑制，減緩心跳速度，嚴重者還可能出現橫紋肌溶解癥及乳酸中毒癥。
4、治療瘧疾：在我國中醫裡黃連一直都是用來治療瘧疾等嚴重的腹瀉，黃連中含有黃連素，在現在醫學中黃連素也是一種非處方的腹瀉藥物，主要是黃連素具有抑菌抗菌作用，對痢疾桿菌，結核桿菌，肺炎球菌，傷寒桿菌以及白喉桿菌等都具有抑制作用，對痢疾桿菌的作用最強，是治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病的特效藥。
5、治療消化道炎癥：胃炎，胃潰瘍，腸胃炎，腸炎等消化道疾病一直都是屬於很難治療的疾病，很多藥物對胃腸道都有刺激作用，在食用之後對炎癥雖有治療效果，但同時也有刺激促進作用，對藥物的量的把控很難做到準確，黃連不一樣，黃連在食用之後其主要成分黃連素是不會通過胃腸道黏膜進入血液的，其主要是在胃腸道中停留，由於苦澀作用會使黃連素在胃腸道中停留的時間增長，對消化道炎癥的治療效果明顯。
